Gereja Methodist Indonesia Jemaat Manna Helvetia ini berdiri pada tahun 1961 (sebelum otonom) yang diawali dengan pelayanan Bapak Pdt. Allemar Hutabarat. Beliau yang pertama membuka Pos PI di Kampung Helvetia dengan nama Gereja Methodist Kampung Hevetia.
Menurut keterangan yang diperoleh bahwa beliau naik sepeda dari Hang Tuah melalui Pulo Brayan menelusuri kebun tembakau Deli dan berhenti di rumah rumah penduduk persis di tengah-tengah perladangan kampung Helvetia. Perkenalan beliau dengan St. AW Napitupulu/br. Simanjuntak begitu berkesan sehingga membangun gubuk di perladangan bapak AW. Napitupulu sekitar daerah gereja Katolik dan Gereja Angkola Jl. Kemuning Raya sekarang untuk tempat Ibadah dan mengundang tetangga- tetangga berkumpul mengadakan Ibadah. Selanjutnya untuk kepenting Ibadah yang lebih baik dibangun lagi gubuk yang lebih besar di daerah Kodam (Laksus sekarang).
Pada Tahun 1964, terjadi gejolak di internal Gereja Methodist menyangkut keinginan sebagian warga Methodist tidak tergantung pada pihak luar (rasa nasionalisme) yang disebut dengan Methodist Merdeka. Ketika itu Bapak Pdt. W. Simanjuntak sebagai pimpinan jemaat di Methodist Kampung Helvetia. mengarahkan jemaat ke Methodist Merdeka. Pada saat itu Pengurus gereja antara lain : St. AW. Napitupulu, St. D Silaban dan St. J Tampubolon. Gereja Methodist Kampung Helvetia saat itupun beralihlah ke Gereja Methodist Merdeka Indonesia (GMMI) dan memisahkan diri dari Kantor Pusat Gereja Methodist Indonesia (GMI).
Pada tahun 1974 GMMI/ Gereja Methodist Kampung Helvetia berpindah dari lokasi Kodam (Laksus) ke lokasi yang ditempati gereja sekarang ini, berdasarkan surat keterangan Bupati Deli Serdang No 4112/3 tertanggal 8 Maret 1974. Dengan dibukanya Perumnas Helvetia, maka pada tahun 1983 beberapa jemaat Methodist dari GMI Hang Tuah, GMI Medan Timur, GMI Sei Sengkol, GMI Madong Lubis , yang berdomisili di Perumnas Helvetia menginginkan dibuka Pos PI GMI di Helvetia, saat itu Drs. H. Napitupulu adalah majelis di GMI Hang Tuah memberitahukan dalam rapat Majelis, sehingga dengan persetujuan Rapat majelis GMI Hang Tuah dibuka kembali pelayanan Gereja Methodist Indonesia di Helvetia melalui Kebaktian Sulung pada tanggal 16 Oktober 1983 yang dipimpin oleh Bapak Pdt. M. Saragih, Sm.Th (Pimpinan Jemaat GMI Hang Tuah) yang disebut Pos PI GMI Helvetia.
Kebaktian dilaksanakan menumpang di gedung GMMI pada siang hari mulai pukul 13.00 Wib setelah mendapat persetujuan resmi dari Pengurus GMMI Dengan munculnya permasalahan internal di tubuh GMMI Helvetia, hingga ke Pengadilan Negeri Medan sampai ke Mahkamah Agung yang dimenangkan oleh pihak St. AW. Napitupulu dan St. D. Silaban maka mereka memilih untuk bergabung dengan Pos PI Gereja Methodist Indonesia Helvetia yang didukung beberapa jemaat lainnya. Sejak Minggu tanggal 12 April 1985 Kebaktian Pos PI Gereja Methodist Indonesia Helvetia sudah mengadakan kebaktian pada pagi hari dan penggunaan gedung gereja sepenuhnya dalam pengelolaan Pos PI GMI Helvetia konferensi resort Hang Tuah dan otomatis GMMI dihelvetia dan jemaatnya tidak ada lagi.
Perjalanan keberadaan jemaat GMI Manna Helvetia menghadapi banyak tantangan baik dari dalam maupun dari luar, salah satu adalah tentang status kepemilikan tanah, karena pihak GMMI menyampaikan gugatan ke pengadilan menuntut bahwa tanah Gereja Methodist Indonesia yang ditempat Pos Pl GMI Helvetia adalah milik GMMI, dan Keputusan Pengadilan bahwa secara konstitusi tanah tersebut adalah milik Gereja Methodist Indonesia. Pada konfrensi resort dibawah kepemimpinan Pdt. Morina Tambunan,S.Th,M.Si, merencanakan pengurusan sertifikat tanah pertapakan gereja Dan sertifikat Hak Milik dari Badan Pertanahan Nasional Republik Indonesia telah terbit dengan nomor : 2928 tanggal 19 Nopember 2012 dengan luas 571 m yang beralamat di Jl. Beringin Raya No.152-D Kelurahan Helvetia Kecamatan Medan Helvetia Kota Medan dan Asli Sertifikat telah disimpan di kantor Pusat Gereja Methodist Indonesia.
2.1. PEMBANGUNAN GEREJAPERTAMA
Pada tahun 1974 setelah instruksi Bupati Deli Serdang untuk memindahkan Gereja dari lokasi Kodam (Laksus sekarang ini) maka dibangunlah Gereja pada lokasi pertapakan sekarang. Struktur gedung Gereja saat dibangun setengah batu berdinding papan, berlantai semen dan beratap seng dengan ukuran 7 x 14 m. Pembangunan Gereja ini didukung penuh oleh St. A.W. Napitupulu dan St. D. Silaban sebagai Guru Huria dan sekaligus ahli teknik. Pembangunan dilaksanakan dengan gotong royong dan sumber dana swadaya jemaat, dan atap seng adalah bantuan dari Bupati Deli Serdang dan nama.
2.2. PEMBANGUNAN GEDUNG UTAMA GEREJA
Seiring dengan berjalannya waktu dan perkembangan jemaat pada tahun 1991 oleh Pimpinan Jemaat Guru Injil Bennet Sihombing STh dan Pimpinan GMI Hang Tuah Pdt. A. Hasibuan, S.Th dimana Pimpinan Distrik 2 pada saat itu Pdt. Drs. Boaz Yahya, dilakukanlah peletakan batu pertama pembangunan gedung Gereja sesuai dengan bentuk bangunan yang sekarang. Oleh karena dana yang sangat terbatas, pembangunan Gereja tersebut harus dilakukan secara bertahap yaitu :
Tahap I.
Pembangunan pondasi tiang dan sloof yang berlangsung selama 6 bulan karena keterbatasan dana, kebaktian tetap berlangsung dilokasi yang sama . Pembangunan Tahap I ini diketuai Oleh Drs. HH. Napitupulu dengan komisi tehnik D.S B. Manalu dan B. Silaban BE.
Dengan kebutuhan dana yang mendesak, para majelis gereja bersama jemaat harus berfikir keras dengan melaksanakan berbagai upaya untuk penggalangan dana dan termasuk menggelarkan gondang pada tahun 1992 yang dihadiri oleh Bapak Bishop H. Panggabean,MA.
Tahap II.
Pembangunan tahap II dilakukan pada tahun 1992-1993 mencakup Tiang dan Balok dengan panitia yang sama dengan tahap I. Pimpinan Jemaat pada saat itu mengadakan kebaktian minggu pagi mulai Pukul 08.09-09.30. Pada awalnya kebaktian ini disebut kebaktian Remaja dalam bentuk Ibadah KKR yang dilayani oleh para remaja. Namun semakin lama semaln banyak yang berminat untuk beribadah, bukan saja dari kalangan remaja dan pemuda tetapi terma suk juga dari kaum Orang tua, sehingga ditetapkanlah kebaktian remaja itu menjadi Kebaktian sesi pertama dengan menggunakan bahasa Indonesia sedangkan kebaktian sesi kedua tetap menggunakan bahasa Indonesia dan bahasa batak secara bergilir. Demikianlah hingga sampai sekarang ini GMI Manna Helvetia memiliki beberapa sesi ibadah. Kebaktian sesi 1: Ibadah dengan Full Band (Praise And Worship) Pukul 08.00 wib - 09.30 wib Kebaktian sesi 2: Ibadah Hymne Pukul 10.00 wib-12.00 wib Kebaktian Sekolah Minggu: Pukul 08.00 wib-09.30 wib Kebaktian PRMI: Pukul 10.00 wib-11.30 wib WIB
3.1. Pendeta/Guru Injil/Pimpinan Jemaat
Sesuai dengan disiplin Gereja Methodist Indonesia bahwa setiap konfrensi tahunan akan dimungkinkan adanya mutasi hamba Tuhan yang melayani di setiap gereja lokal sesuai dengan kebijakan Pimpinan Pusat GMI berdasarkan Kebutuhan. Berikut ini daftar nama Hamba Tuhan yang pernah melayani di gereja GMI Manna Helvetia sebagai berikut :
1. 1961 s/d 1963 Pdt. Alemar Hutabarat
2. 1983 s/d 1986 Pdt. M. Saragih, Sm.Th
3. 1986 s/d 1987 Pdt. AC. Damanik, S.Th
4.1987 s/d 1989 Pdt. RPM. Tambunan, S.Th
5. 1989 s/d 1990 Pdt. B. Sinaga, S.Th
6. 1990 s/d 1991 Pdt. A. Hasibuan, S.Th/Gr. I. Bennet Sihombing, S.Th
7. 1991 s/d 1993 Guru Injil Robert Hutapea S.Th (ditahbiskan menjadi Pendeta tahun 1992)
8. 1993s/41995 Pdt AC. Damanik, S.Th
9. 1995 s/d 1997 Pdt M. Doloksaribu (wafat , Februari
10.1997 s/d 1997 (Februari 1997 s/d Juli 1997 Pelayanan
gereja dilaksanakan oleh Lay Leader Ls. dr. Th.P. Nadapdap, MS
dan pelayanan kependetaan oleh : Pdt. DP. Siregar Caplin PKMI 1 dan dari Maria sunggal11. 1997 s/d 1998 Pdt. M.U.Br Panjaitan
12. 1998 s/d 2000 Pdt. MH. Manurung
13. 2000 s/d 2003 Pdt. A. Br Siregar, S.Th
14. 2003 s/d 2006 Pdt. M.T. Siahaan
15. 2006 s/d 2009 Pdt. M.U. Br. Panjaitan
16. 2009 s/d 2010 Pdt. G. Tanjung/Gr.I. Mery Lase
17. 2010 s/d 2013 Pdt. M. Tambunan,S.Th, M.Si
18. 2013 s/d 2018 Pdt. J. Gurning. S.Th.,M.Si
19. 2018 s/d 2024 Pdt. Netty. H. Aritonang, S.Th., M.Th
20. 2024-sekarang: Pdt. Danieli Lase, S.Th., M.Min